http://qa.lifesciencedb.jp/questions/835/rna-seq%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8Br%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9F%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E6%99%82%E3%81%AE%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>「Rで塩基配列解析」をみながら、RNAseq解析をしようとしています。Rは初心者で、試しに適当なリファレンス配列とクエリー配列（共にfasta形式）を用いてmappingを試みています。リストファイルを作成後、以下のコマンドによりQuasRを起動してマッピングを行おうとしましたが、以下のようにbowtieにおいて、”引数の長さが 0 です　sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11”というエラーが出てしまい困っております。このような場合の解決策をご存知の方はいらっしゃいますか？</p> <blockquote> <p>in_f1 &lt;- "mapping1.txt"</p> <p>in_f2 &lt;- "Ala2.fa"</p> <p>library(QuasR)</p> <p>out &lt;- qAlign(in_f1, in_f2)</p> </blockquote> <p>Creating .fai file for: /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa</p> <p>alignment files missing - need to: create alignment index for the genome create 1 genomic alignment(s) will start in ..9s..8s..7s..6s..5s..4s..3s..2s..1s</p> <p>Creating an Rbowtie index for /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa</p> <p>Finished creating index Testing the compute nodes...OK Loading QuasR on the compute nodes...OK</p> <p>Available cores: nodeNames ka.biol.sci.u.ac.jp 1 </p> <p>Performing genomic alignments for 1 samples. See progress in the log file: /Users/ka/Desktop/te/QuasR_log_1d53f48759d.txt</p> <p>以下にエラー checkForRemoteErrors(val) : </p> <p>one node produced an error: Error on ka.biol.sci.u.ac.jp processing sample /Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa : 引数の長さが 0 です sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11<br> </p> <p>'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rbowtie/bowtie' </p> <p>'/Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa.Rbowtie/bowtieIndex' '/Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa' -m 1 --best --strata -v 2 -f -S -p 1 '/var/folders/kg/hrs2ndkn029f978fs1_18s140000gn/T//RtmpF7YdOB/Ala1.fa26e25902bc72.sam' 2&gt;&amp;1</p> <p>下記にsessionInfo() による情報と使用Macのスペックを示します。どうぞよろしくお願い致します。</p> <blockquote> <p>sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit) Running under: OS X 10.8.5 (Mountain Lion)</p> </blockquote> <p>locale: [1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8</p> <p>attached base packages: [1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base <br> </p> <p>other attached packages: [1] GenomicAlignments_1.2.2 Rsamtools_1.18.3 <br> [3] Biostrings_2.34.1 XVector_0.6.0 <br> [5] QuasR_1.6.2 Rbowtie_1.6.0 <br> [7] GenomicRanges_1.18.4 GenomeInfoDb_1.2.4 <br> [9] IRanges_2.0.1 S4Vectors_0.4.0 <br> [11] BiocGenerics_0.12.1 BiocInstaller_1.16.2 <br> </p> <p>loaded via a namespace (and not attached): [1] AnnotationDbi_1.28.2 base64enc_0.1-2 BatchJobs_1.6 <br> [4] BBmisc_1.9 Biobase_2.26.0 BiocParallel_1.0.3 <br> [7] biomaRt_2.22.0 bitops_1.0-6 brew_1.0-6 <br> [10] BSgenome_1.34.1 checkmate_1.5.2 codetools_0.2-11 <br> [13] DBI_0.3.1 digest_0.6.8 fail_1.2 <br> [16] foreach_1.4.2 GenomicFeatures_1.18.6 grid_3.1.3 <br> [19] hwriter_1.3.2 iterators_1.0.7 lattice_0.20-31 <br> [22] latticeExtra_0.6-26 RColorBrewer_1.1-2 RCurl_1.95-4.5 <br> [25] RSQLite_1.0.0 rtracklayer_1.26.3 sendmailR_1.2-1 <br> [28] ShortRead_1.24.0 stringr_0.6.2 tools_3.1.3 <br> [31] XML_3.98-1.1 zlibbioc_1.12.0 </p> <p>Mac Proスペック プロセッサ 2 x 2.66 GHz 6-Core Intel Xeon メモリ 32 GB 1333 MHz DDR3 ECC ソフトウェア OS X 10.8.5（12F45）</p>jaMon, 22 May 2023 18:09:21 -0000