http://qa.lifesciencedb.jp/questions/841/geo-%E3%81%8B%E3%82%89%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89-max-format%E3%81%A8%E3%81%AF<p>平素お世話になっております。浅学のため記入内容および語彙の不備があるかと思いますが、 どうか御容赦頂ければと思います。</p> <p>●背景：GEOからRNA-seqのデータを取得</p> <p>NCBI が運営するGEOからRNA-seqのデータを取得したいと考えております。目的とするデータのアクセッション番号はGSE20116です。 配列データとしては6ファイルあるようです（例えばGSM515513）。</p> <p>●質問：MAX formatとは？</p> <p>サンプル GSM515513を見ますと、以下のような記述がありました。</p> <p>Data processing AB WT Pipeline. The reads were aligned to the human hg18 (NCBI Build 36) genome. Alignments are provided in MAX format. A MAX specification file is available on the Series GSE20116 record.</p> <p>上記のMAX formatとは何でしょうか？いろいろ検索してみましたが判然としませんでした。</p> <p>●困っている現状</p> <p>実は背景として、DDBJのftpサーバーから上記サンプルに相当するfastqファイルを取得し、tophatにてhg19へのアライメントを試みた経緯があります。ところが、accepted_hits.bamが 1 MB未満となってしまい、明らかに結果がおかしかったです。海外の掲示板も参照し、似たような事例が散見されましたが、解決できず往生しております。GEO のサイトから、マッピング済みのファイルが得られるなら、取得したいと考えています。MAX format なるものが、tophat に適用出来るかはわかりませんが、そもそもMAX formatがなんなのかすら分からない現状です。</p> <p>些細な点でも構いませんので、どうか御教授頂けないでしょうか？ お手数をおかけ致しますが、何卒宜しくお願い致します。</p> <p>敬具</p>jaThu, 22 Oct 2015 19:35:42 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/841/geo-%E3%81%8B%E3%82%89%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89-max-format%E3%81%A8%E3%81%AF/843<p>GSM515513のダウンロードできるファイルに、MAX formatの説明がありましたが、それではだめなのですか？</p>khThu, 22 Oct 2015 19:35:42 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/841/geo-%E3%81%8B%E3%82%89%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89-max-format%E3%81%A8%E3%81%AF/843