http://qa.lifesciencedb.jp/questions/842/%E7%99%8C%E3%81%AE%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E3%81%99%E3%82%8B%E9%85%8D%E5%88%97%E6%A4%9C%E7%B4%A2<p>NCBIなどに蓄積している癌のゲノムデータベースに対してある特別な配列（人にはない配列です）のインテグレーションを調べたいと考えています。 出来ればすべての癌に対して調べたいのですが、 難しいなら特定の癌腫に限定しようと思っています。 どのような手順を踏むのが最短でできますでしょうか？ 全てのゲノム配列をダウンロードするのは、かなり大変な作業だと思いますが、ダウンロードする他ないでしょうか？ 事前の予想では、予めalignmentの取られている配列だと、除外されているのではと考えていますが、現段階では分かりません。</p> <p>上記の質問は具体的ではなかったので、変更させていただきます。 https://cghub.ucsc.edu/ 上記よりゲノムデータをダウンロードして、Blast等でサーチできる環境を作りたいのですが、具体的にどのような手順を踏むのがベストでしょうか？</p>jaThu, 05 Oct 2017 00:33:26 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/842/%E7%99%8C%E3%81%AE%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E3%81%99%E3%82%8B%E9%85%8D%E5%88%97%E6%A4%9C%E7%B4%A2/868<p>人にはない配列というのは、例えばウイルスゲノムとかのことでしょうか？ fastq取ってきてマップして、リファレンス配列にマップされなかったリードを集めて、メタゲノム用のリファレンスかマッパー(私はメタゲノムは未経験です)を使って、それがなんの配列に近いか？見るというのではだめですか？</p>myoshiThu, 05 Oct 2017 00:33:26 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/842/%E7%99%8C%E3%81%AE%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E3%81%99%E3%82%8B%E9%85%8D%E5%88%97%E6%A4%9C%E7%B4%A2/868