http://qa.lifesciencedb.jp/questions/845/igv%E3%81%AE%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%81%A8fpkm%E5%80%A4%E3%81%AE%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>NGSデータ解析の初心者です。 現在、RNA-seq解析を行っているのですが、Mapping結果をIGVで可視化するとある遺伝子に対してMappingされていることを確認したのですが、その遺伝子の発現量をCuffdiffで計算したところ、FPKM値が0となりました(gene tracking)。 リードがMappingされているのにFPKM値がなぜ0となるのかわからず困っています。 何か知見があればご教授ください。よろしくお願い致します。</p>jaTue, 05 Jan 2016 15:57:19 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/845/igv%E3%81%AE%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%81%A8fpkm%E5%80%A4%E3%81%AE%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/846<p>こんにちは。IGVで見えているタグがカウントFPKMでカウントされていないとのことですが、<br> まず御確認いただきたいのはIGVのreferenceのgenome versionと、ご利用になられているデータの<br> mapping時の<strong>genomeのバージョン</strong>、そして<strong>生物種</strong>が一致しているかどうかという点だと思います。<br></p> <p>IGVで確認しているデータは<strong>bamファイル</strong>でしょうか（<strong>bedファイル</strong>, <strong>tdfファイル</strong>でしょうか）。<br> 以上の点で問題が無いようでしたら、今の情報だけではもしかするとcuffdiffをかけたときに、<br> データを取り違えているなどの可能性、cuffdiffが途中で止まっていた、ぐらいしかないのではと思います<br> (cuffdiffではlistを渡しているときに取り違えるなどのhuman errorの可能性もあると思います)。<br> 可能であればpipelineの実行ステップ、programのバージョンを詳細に御記載いただくほうが良いかもしれません。<br></p> <p>@suimye</p>suimyeTue, 05 Jan 2016 15:57:19 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/845/igv%E3%81%AE%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%81%A8fpkm%E5%80%A4%E3%81%AE%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/846