http://qa.lifesciencedb.jp/questions/859/cuffmerge%E3%81%AE%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>御世話になります． 初心者なので、DDBJ Sequence Read Archive (DRA) から取得したRNA-seqのヒトサンプルデータ数名分を解析しております．</p> <p>cufflinksのcuffmergeを実行しました． 群内における発現量のばらつきを知りたいのですが、mergedファイル内のgenes.fpkm_tracking（isoforms.fpkm_trackingとどちらが適切かわかりませんが）の結果をみると、FPKM_conf_loとFPKM_conf_hiは同じ値になっています．</p> <p>これは、うまくmergeできなかったと解釈すればよいでしょうか．</p> <p>実行コマンドは、cuffmerge -o merged -p 4 -g Homo_sapiens.GRCh38.87.gtf transcripts.gtf.txt　です．</p> <p>どうぞよろしくお願い致します．</p>jaMon, 22 May 2023 17:50:33 -0000