Answers to: Hisat2がerror

Comment by mikan03 on inutano's 回答

mikan03 — Wed, 25 Jul 2018 13:44:50 +0900

ありがとうございました。直接実行できるのも知りませんでした。記憶が曖昧なのですが、たしかそのまま実行したことがあって、そのときも同じエラーが出たので、configure/makeのせいなのか？と思い込んでいました。またわからないことがでるとかもしれませんが、そのときはどうぞよろしくお願いします。

Answer by inutano

inutano — Wed, 25 Jul 2018 13:28:41 +0900

動いたとのことでよかったです。（ライブラリを直接いじるとシステムに影響がないか心配ですが…）ちなみに、バイナリとはソースコードをコンパイルしたものなので、configure/make は必要ありません。unzip したあと、中に入っている hisat2 を直接実行できます。

Comment by mikan03 on inutano's 回答

mikan03 — Mon, 23 Jul 2018 14:19:07 +0900

マウスのindexもダウンロードしてみたのですが、最初はたくさんht1.ht2とかファイルがあったので、どれを指定したら良いかわからずに、後回しにしていました。 indexを自分で作ってみて、やっとファイルがたくさん意味がある意味がわかりました。indexは複数にわかれてできるんですね。出来上がったindex fileをフォルダ(mkdir index_mm10)にいれて、index_mm10/genome_mm10でindex指定して動きました。助かりました。

Answer by mikan03

mikan03 — Mon, 23 Jul 2018 14:10:30 +0900

まずは結論から。 /usr/local/lib/libstdc++.6.0.9.dylib を削除しました。ーーーーーーーーーー以下、試したことを記述しておきます。(すみません。ログが流れてしまいましたので、部分的な情報だけです）

まず、brew uninstall hisat2をしてトラブル回避。

OSX用のバイナリからのビルドも試みましたが、makeがうまくいきませんでした。

unzip hisat2-2.1.0-OSX_x86_64.zip
cd hisat2-2.1.0
ls
/.configure
make

makeでconfigureが見つからないといわれましたので、 lsでみてconfig.というファイルがいろいろあったので、片っ端から/.configu.しましたが、特に動きなし。

続いて、他のパッケージングソフトでhisat2が入らないかを試す。 portはできなかったので、 minicondaをインストール。 sudo port install miniconda

minicondaでHIisat2をインストール which hisatでpathは通っているが、anaconda経由になっていた。そこでもう一回hisat2でindex構築実行。

同じエラー発生。 hiast2 -hでヘルプはみられる。ということはシステム的な問題？

もういちどログ確認。内容はあまり理解できませんが Expected in: /usr/lib/libstdc++.6.0.9.dylib どうやらこいつが悪さをしている？

下記参照サイトを元にggplotからlibstdc++.6.0.9.dylibを輸入してみるが.libstdc++.6.dylibしかない。試しに置き換えてみる。 githubからあたらしくlibstdc++.6.0.9.dylibを取ってきていれてみた。エラーログの内容が変わったが、相変わらず動かない。

libstdc++.6.0.9.dylibが消えるかを試したが、消えないことが判明。lsで表示されるのにfile not exist. rm optionいろいろ使ってみるが、どれも効果なし。finderからl/usr/local/lib//libstdc++.6.0.9.dylib（不可視ファイル）探してゴミ箱にぽいで消えた。

それからindex構築動きました。 mappingも動いて無事にでました。

以下参考にしたサイト。ありがとうございます。

https://bioconda.github.io/recipes/hisat2/README.html

http://blog.toshihiro-kaneko.tonkotsu.jp/?cid=3

https://github.com/phracker/MacOSX-SDKs/blob/master/MacOSX10.7.sdk/usr/lib/libstdc++.6.0.9.dylib

Comment by mikan03 on inutano's 回答

mikan03 — Mon, 23 Jul 2018 14:03:56 +0900

回答ありがとうございました。結論からいうとたぶん解決しました。（今、ライブラリをビルドしています。）一人で黙々やっていると思考が回らなくなるので、コメントに本当に感謝しています。

まずは結論から。 /usr/local/lib/libstdc++.6.0.9.dylib を削除しました。（詳細は上げておきます。）これで動きました。

ありがとうございました。

Answer by inutano

inutano — Sat, 21 Jul 2018 17:45:53 +0900

環境がないので検証できないのですが、ひとまず公式のOS X用バイナリを使って動くか検証してみるのはどうでしょう？ https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-OSX_x86_64.zip

マウスのwhole genomeであれば公式でビルド済みのインデックスが配布されているのでそれを使うという手もあるかとおもいます。 ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data