http://qa.lifesciencedb.jp/questions/892/deseq2%E3%81%A7transcripts-id%E3%81%A8gene-id%E3%82%92%E7%B4%90%E4%BB%98%E3%81%91%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95<p>いつもお世話になっています。</p> <p>おかげさまでhisat2 -&gt; stiringTie -&gt; DESeq2まで進みそれらしいデータも取れました。</p> <p>DESeq2ではTranscript_IDでデータが出てきますが、これをGene_IDに紐付けすることができません。 Mergeなど試してみましたが、data0(O obs)が返されます。解決策をご教示いただければ幸いです。</p> <p>ーーーーー</p> <p>たとえば部分的なファイルを切り出してmergeしてみるとうまく行きます。</p> <blockquote> <p>trancript_ID33 &lt;- c("NR_131893","NR_131893")</p> <p>gene_name33 &lt;- c("Porcn", "Porcn")</p> <p>gene_id33 &lt;- c("MSTRG.71262","MSTRG.71262")</p> <p>test33 &lt;- data.frame(trancript_ID33,gene_name33,gene_id33) 　 baseMean &lt;- c(53.33436)</p> <p>log2FoldChange &lt;- c(-0.431138)</p> <p>pValue &lt;- c(0.2859373)</p> <p>gene_id_NR &lt;- c("NR_131893")</p> <p>test66 &lt;- data.frame(baseMean,log2FoldChange,pValue,gene_id_NR)</p> </blockquote> <p>テスト材料作ってからmerge</p> <blockquote> <p>merge99 &lt;- merge(test33,test66)</p> </blockquote> <p>これはうまくできました。</p> <p>全体でMergeするとうまくいかないところなのですが、なんとかする方法はありますでしょうか？ バイオではなくてRの問題かもしれませんが、ご教示いただけますと幸いです。 よろしくお願いします。（そもそも根本的に間違っているかもしれません。）</p> <h1>追記：Rでの作業を書きます。</h1> <blockquote> <p>library("DESeq2")</p> </blockquote> <h1>公式ページに従って入力。transcritp_count_matrix.csvはstringtieで生成</h1> <blockquote> <p>countData &lt;- as.matrix(read.csv("transcript_count_matrix.csv", row.names="transcript_id"))</p> </blockquote> <h1>合計6未満(N=3で２郡間の比較）の微弱発現を除去</h1> <blockquote> <p>countData1 &lt;- countData[apply(countData,1,sum)&gt;6,]</p> </blockquote> <h1>PHENO_DATA.txtでサンプル割り当て。#PHENO_DATA.txtの中身</h1> <h1>Genotype</h1> <h1>1 WT</h1> <h1>2 WT</h1> <h1>3 WT</h1> <h1>4 KO</h1> <h1>5 KO</h1> <h1>6 KO</h1> <p>colData &lt;- read.csv("PHENO_DATA.txt", sep="t", row.names=1)</p> <h1>確認1</h1> <p>all(rownames(colData) %in% colnames(countData1))</p> <h1>[1] TRUE がでるのでOK</h1> <p>all(rownames(colData) == colnames(countData1))</p> <h1>[1] TRUE がでるのでOK</h1> <h1>DEseq2に流し込み。</h1> <p>dds &lt;- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countData1,         colData = colData, design = ~ Genotype) dds &lt;- DESeq(dds) res &lt;- results(dds) res_gene_id$gene_id &lt;- row.names(res)</p> <h1>Gene IDをつけるためrtracklayarうごかす。</h1> <h1>Stringtieでmergeしたファイルをいれる。</h1> <p>library(rtracklayer) gtf &lt;- readGFF("stringtie.merge.gtf")</p> <h1>stringtieの場合はtypeがexonかtranscript のようなので、exonにする。</h1> <p>gtf_gene &lt;- subset(gtf, gtf$type == "exon") </p> <h1>紐付けされたリストを取り出しておく。</h1> <p>gtf_gene_1 &lt;- gtf[,c("gene_id","gene_name","transcript_id")] colnames(gtf)</p> <p>**#二つの票を合体することで、transcript_IDとgeneIDを紐付けする。ここがうまくいかない</p> <blockquote> <p>DEseq2_result_ref &lt;- merge(DEseq2_result,gtf_gene_1,all=T, sort=F)**</p> </blockquote> <h1>CSVへの書き出しで終わるはず。</h1> <blockquote> <p>write.csv(DEseq2_result_ref,"DEseq2_result_ref.csv", quote=FALSE, row.names=FALSE)</p> </blockquote> <h1>参考ページ(どうもありがとうございます。）</h1> <h1>https://ncrna.jp/blog/item/388-deseq2-ggplot2</h1> <h1>http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual</h1> <p>＃https://qiita.com/rouninnomi/items/5441bef2f50780035127</p> <h1>後半文字の大きさがみづらくなってすみません。修正法がわかりませんでした。</h1>jaMon, 30 Jul 2018 09:38:49 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/892/deseq2%E3%81%A7transcripts-id%E3%81%A8gene-id%E3%82%92%E7%B4%90%E4%BB%98%E3%81%91%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95#894<p>自己レスですみません。DAVIDに投げ込んだら変換できました。最後までRでできるのかと思っていましたが、あまりこだわらなくてよかったかもしれません。どうもありがとうございます。</p>mikan03Mon, 30 Jul 2018 09:38:49 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/892/deseq2%E3%81%A7transcripts-id%E3%81%A8gene-id%E3%82%92%E7%B4%90%E4%BB%98%E3%81%91%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95#894