http://qa.lifesciencedb.jp/questions/898/bam%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>度々失礼します、次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本でCHIPseq解析の勉強をしている初心者です。</p> <p>bowtieでマッピング後、samファイルをbamファイルに変換しました。 次に教科書通り「samtools sort 検体.bam 検体_sorted」というコマンドでソートをしようとしてもできません。そこでネットを参考に「samtools sort -@ 4 検体.bam 検体_sorted」でやってみましたが、検体_sortedファイルは作成されるのですが肝心の検体_sorted.bamファイルは作成されず、次のindex作成に進めず困っています。</p> <p>何度もすいません、ご教授よろしくお願いいたします。</p>jaThu, 01 Nov 2018 01:16:21 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/898/bam%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/899<p>勝手に_sortedファイルを_sorted.bamに変更したら、どうやらいけるようです。 samtoolsの使い方が以前と変わってしまっているんでしょうか？ お騒がせしました。</p>YodaThu, 01 Nov 2018 01:16:21 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/898/bam%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/899