http://qa.lifesciencedb.jp/questions/904/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A7%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%94%E3%81%A8%E3%81%AB%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%81%95%E3%82%8C%E3%82%8B%E4%BF%9D%E5%AD%98%E5%BA%A6%E3%81%AF%E4%BD%95%E3%82%92%E6%84%8F%E5%91%B3%E3%81%97%E3%81%A6%E3%81%84%E3%82%8B%E3%81%AE%E3%81%8B<h1>参考書に載っていた内容</h1> <p>・どうして保存度を算出するのか？</p> <p>→アラインメントから構造や機能の情報を抽出するため</p> <p>・サイトごとに計測する理由は？</p> <p>→サイトレベルで情報を抽出する方法により、機能あるいは構造と関連があると推測されるサイトについては、アミノ酸置換などの突然変異導入実験により、その予測の確認を比較的容易に行うことができる。モチーフの同定。</p> <p>・構造とは？</p> <p>→立体構造のこと</p> <p>・機能とは？</p> <p>→タンパク質が折りたたまれ、他のタンパク質等と相互作用を起こすこと。</p> <p>そのため、立体構造が似ていることは同様の機能を有していることを予測することができる。</p> <h1>マルチプルアラインメントされたアミノ酸配列で、サイトごとに保存度を「以下の式」で計算する意義について知りたいです。</h1> <p>保存度は以下の式で計算されるものとします。</p> <p>・Valder氏の保存度算出式(https://gyazo.com/8285e51d7bd7db8d8057bb376e9e454f)</p> <p>・スコアマトリックスにはBlosum62を使用(https://gyazo.com/7c8c0bb28db10ba26d07bdf6e40aed57)</p> <p>・スコアマトリックスの変換式に、写真の変換式を使用(https://gyazo.com/60242cf27db66929a5490dc0ed9b1558)</p> <p>・重み付けにはHenikoff氏の重み付けを使用(https://gyazo.com/7907a5beddc2a1ee6348e310f9a5d78b)</p> <h1>保存度を計算する理由について、私の考察</h1> <p>・完全保存されているサイト(=モチーフ)を発見すること。</p> <p>理由：Valder氏の考案した式によれば、完全保存されているサイトについては、どの配列で比較しても、一意の値に収束するから。反対に、完全保存されていなければ、一意の値に収束することはなく、値にばらつきが見られるから。</p> <h1>考察に対する反論</h1> <p>完全保存されているサイトを発見するためだけであれば、別に保存度が必要ではない。視覚的に完全に保存されているサイトを見つければいい。</p> <h2>よって、私の考察とは異なる目的があるのだろう。という結論にたどり着きました。ご回答いただけると幸いです。</h2>jaMon, 22 May 2023 17:46:17 -0000