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いつも参考にさせていただいています。

イントラで galaxy と UCSC Genome Browserを構築しているのですが、 galaxyで作成した複数のBAMデータをUCSC Genome Browser で並べて表示したい(Custom Trackに複数セットしたい) のですが、そのような連携のさせかたをご存知の方はいらっしゃいますでしょうか?

現在並べて表示する方法としては2パターンわかっているのですが、 もっと簡単に連携できないものかと思案しています。

パターン1:(bed,bedgraph,wig)
・galaxyで作成したBAMデータをダウンロードし、UCSC Genome Browserで "add Custom track"する。

パターン2:(BAM,bed,bedgraph,wig)
・hgt.customText の値をURLデコードした文字列を、UCSC Genome Browserで"add Custom track"する。

よろしくお願いします。

※hgt.customText の取得方法 alt text

質問日 Feb 28 '11 at 20:40

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miya
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edited May 29 '13 at 23:09

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mn3 ♦♦
5154922


三つのヒストリアイテムをUCSCゲノムブラウザのカスタムトラックに表示する操作が Galaxy | Published Page | ScreencastsFinding promoters containing TAF1 binding sites identified from a CHiP-seq experiment にあります。また、そのシナリオは日本語で箇条書きした事があるのでご参考までに。

操作は、ツール:Graph/Display Data/Build custom track for UCSC genome browser をつかって、複数のヒストリアイテムからカスタムトラックを作成しています。

alt text

トラックの色やラベルを設定することができます。こうして作成したカスタムトラックをイントラのゲノムブラウザに送れば良いと思います。ヒストリアイテムの "display at UCSC main" のリンク先を genome.ucsc.edu からイントラ向きに変更すれば非常に簡単に連携することができるとおもいます。どこかの設定ファイルで変更できると思います。

alt text

回答日 Mar 02 '11 at 15:04

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mn3 ♦♦
5154922

回答ありがとうございます。

"Build Custom track" ツールでデータを指定してみたのですが、 BAMフォーマットのデータを指定することはできませんでした。

他に情報がありましたら引き続き、お願いします。

(Mar 07 '11 at 17:50) miya miya's gravatar image
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質問日: Feb 28 '11 at 20:40

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最終更新日: May 29 '13 at 23:09

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