個体ごとのSNPsのコール

とある遺伝病の原因遺伝子を調べて、リシーケンシングからSNPs解析を行っています。
SNPsをコールする際、samtoolsであれば、
ーーーーbam.listーーーーー
1.bam
2.bam
3.bam
ーーーーーーーーーーーーー
というようなファイルを準備し、
samtools mpileup -uf hg19.fa -b bam.list | bcftools view -vcg-
とすると個体ごとにSNPsが分けられて出力されます。
全サンプル混ぜてSNPsを検出するほうが、SNPsの誤判定が起きにくいようなので、できれば1つずつ入力するよりも、併せてSNPsのコールを行いたいと考えています。
ここからが問題なのですが、GATKを用いると、multi-allelicなSNPsを検出することが可能だということで、GATKでSNPsのコールを行いたいのですが、たとえば次のようにしても、個体ごとにSNPsを分けることができません。
java -jar GenomeAnalysisTK.jar -R hg19.fa -T UnifiedGenotyper -o 1-2-3.vcf -glm BOTH -I 1.bam -I 2.bam -I 3.bam
GATKで複数のBAMファイルを同時に入力し、各BAMファイルごとに分かれた状態でSNPsを出力することは可能でしょうか？
宜しくお願い致します。