ログイン 概要 よくある質問

はじめまして。 現在、次世代シークエンサーを持ちいてリシークエンスを行っているのですが、近縁種のゲノムが解読されているため、de novoアセンブルを行うことなく、マッピングしたのちに何らかの方法で目的のゲノム配列を得られるのではないかと考えています。 調べたところ、samtoolsのコマンドで、

samtools mpileup -uf ecoli.fa srr191810.fq.sort.bam | bcftools view -cg - | vcfutils.pl vcf2fq > cns.fq

のようにすると新しいゲノム配列が得られるのですが、vcfutils.plではIN/DELが全く考慮されていないようです。 何か他にツールをご存知の方がいらっしゃいましたら、教えて頂けませんでしょうか。 宜しくお願い致します。

質問日 Dec 26 '11 at 11:51

kyoshitake's gravatar image

kyoshitake
1112

edited May 24 '13 at 00:28

mn3's gravatar image

mn3 ♦♦
5154922


なるほど、そちらの用途は良いツールがなさそうですね。BioStarでも自前で書く必要がありそうな回答がありました。 http://biostar.stackexchange.com/questions/7605/alternative-to-samtools-pl-pileup2fq-for-consensus-generation

回答日 Dec 27 '11 at 17:58

gaou's gravatar image

gaou ♦♦
22125

edited Mar 28 '12 at 21:44

mn3's gravatar image

mn3 ♦♦
5154922

たしかsamtoolsに同梱されているsamtools.plのpileup2fqだとin/delのマスクをしてくれたと思います。

回答日 Dec 26 '11 at 13:25

gaou's gravatar image

gaou ♦♦
22125

gaouさま、お返事ありがとうございます。 書き方が悪かったのですが、samtoolsに同梱されている、vcfutils.pl (mpileup用)や、pileup2fq (pileup用)だとIN/DELのフィルタリングが目的のようでして、出力されるFASTQファイルはリファレンス配列と比べて、IN/DELが全く存在しません。 他に何かツールがありそうだと思うのですが。。。

(Dec 27 '11 at 17:54) kyoshita kyoshita's gravatar image
あなたの回答
プレビューをトグルする

この質問をフォローする

By Email:

Once you sign in you will be able to subscribe for any updates here

By RSS:

回答

回答とコメント

タグ:

×4
×1

質問日: Dec 26 '11 at 11:51

閲覧数: 2,941 回

最終更新日: May 24 '13 at 00:28

powered by OSQA