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マウスの全遺伝子について、転写因子のみを探し出し、 ダウンロードする方法を教えてください。 以前、PantherやEmsemblのbiomartを使って試してみましたが、 思ったような結果が得られませんでした。 転写因子名、モチーフ名など簡単な情報がわかれば大丈夫です。 よろしくお願い致します。 |
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Gene Ontology Database を使うのはどうでしょう？ トップページで"GO term or ID"を選択して、"transcription factor"とキーワードを入力してください。 エンターを押すと転写因子に関連するGO termが表示され、その内のひとつ（"transcription factor binding"で いいと思います)を選びます。左上の方に"** gene products"とあるのでそこをクリックするとこのGO termを 持つ遺伝子リストが表示されます。マウスデータのみを取り出す場合はspeciesでマウスを選択し、filterを かけることで得られます。ただこの方法ではモチーフ名まではわかりません。 |
