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はじめまして。 現在、次世代シークエンサーを持ちいてリシークエンスを行っているのですが、近縁種のゲノムが解読されているため、de novoアセンブルを行うことなく、マッピングしたのちに何らかの方法で目的のゲノム配列を得られるのではないかと考えています。 調べたところ、samtoolsのコマンドで、 のようにすると新しいゲノム配列が得られるのですが、vcfutils.plではIN/DELが全く考慮されていないようです。 何か他にツールをご存知の方がいらっしゃいましたら、教えて頂けませんでしょうか。 宜しくお願い致します。 |
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なるほど、そちらの用途は良いツールがなさそうですね。BioStarでも自前で書く必要がありそうな回答がありました。 http://biostar.stackexchange.com/questions/7605/alternative-to-samtools-pl-pileup2fq-for-consensus-generation |
