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いつも参考にさせてもらっています。 今までAgilentのBioAnalyzerを使って、RNA-seqライブラリ調製前のTotal RNAを流していました。 今回初めてTapeStationのR6Kで、Total RNAを流してみました。 ヒトの全血からかなりキレイに取ったはずのTotal RNAが、RINの値が低め（6ぐらい） に出ています。以前、BioAanalyzerとTapeStationのRINの計算方法が異なると聞いた ことがありますが、実際にTapeStationを使われている方は、どう判断されているのでしょうか？ |
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TapeStationのユーザーではないですが、気になったので調べてみたところ、 リンク先にあるように、TapeStationは18sまでのFast領域でのシグナルを基にRIN値を計算しているようです。 この資料には相関があると書かれているので、理論上ではありますが（かなりキレイにというものがどういう意味かにもよりますが） 18s、28sのピークが安定しているようであれば、"だいこん"さんのサンプルでは GenomicDNAなどのRNA以外の分解産物の混入を疑ってみてはいかがでしょう？ http://www.chem-agilent.com/pdf/5990-9613EN_RINe.pdf |
