個体間におけるコピー数多型情報の比較について

今回このQAサイトを利用させて頂く理由は、コピー数多型（CNV）解析に関する質問です。 現在1000人以上の検体を使ってCNV解析を行っていて、CNVcallにCNVPartitionとPennCNVを使っています。個人のアレイデータに関してこの2つのツールを使って共通のCNVを抽出しているのですが、今度は個体間で比較して共通のCNVを抽出したいと考えています。つまり調べている1000人の集団では、commonのCNVが幾つあって、gainがその内何個、lossが何個、rareが幾つ、等というデータを出したいのです。現在、PennCNVとかPLINKを調べているのですが、今ひとつはっきりしないので、その為に有効なツールをご存じの方がいらしたら、ご教授頂けると幸甚です。 宜しくお願いいたします。