バイオインフォで10年以上前から使われている定番ツール

バージョンは違いますがHMMERは欠かせないでしょう。あとは何気にGCG後続のEMBOSSもBioPerlももう１０年以上使われています。FASTA自体は使う事は減りましたが、パッケージ内のssearchは相変わらず良く使います。

他にも ・アセンブリーならPhred/Phrap、SIM4/CAP3（これは生き残っているか微妙かもですが、内部で他のパイプラインで使われているのは良く眼にします） ・遺伝子予測なら形をかえながら（バージョンや名前） Glimmer、Genscan、Exonerate（Genewise） ・二次構造予測ならrnafold ・系統関係ではPHYLIPやMEGAなど ・局在予測ではバージョンや名前を変えながらPSORT などなど、逆に既に１０年という時間はこの分野でもそんなに昔ではないのかもしれません。