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blastのコマンドで -F F（低複雑度領域（フィルタ）のマスクをオフにする。）に blast+で当たるものをご存知の方がいらしたら教えてください。 -soft_maskingかと思ったのですが、ちょっと違いそうなのです。 よろしくお願いします。 |
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対核酸なら、 legacy blastでのfilterが何なのかはBLAST cgiの解説ページが解りやすいです。 mya_ さんありがとうございます！ 試してみます。 また、普段あまりblastを使わないのですが、テストファイルを作るのに、良い方法がありましたら、教えていただけますか。 質問項目の分割が要るような気がしますが、β運用ということだそうで、細かい所がよくわかりませんのでこちらに記入します。 "blast+を動作させて何らかの結果を返し正常終了させる"ためのテストファイルの作り方、 という意味で聞かれているのでしたら、NCBI enterzやKEGG genome、どこからでも任意の（自分の好きな）塩基・アミノ酸配列を入手し、 makeblastdbコマンドで自前のデータベースを作成、そして入手した配列の一部分を切り出してquery(input)側のファイルとすれば確実に相同領域のあるテストセットになるのではないでしょうか。 可能であれば質問を分割して下さい。分割して、質問文がタイトルやURLにあるようにすることが検索エンジンから質問と回答に到達しやすくなることにつながります。よろしくお願いします。 mya_さん、ありがとうございます。遅くなってしまってすみません。配列、見つけられました。ありがとうございます。 mn3さん コメントありがとうございます。次回から、そうさせていただきます。ありがとうございます。 |
