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NCBIなどに蓄積している癌のゲノムデータベースに対してある特別な配列（人にはない配列です）のインテグレーションを調べたいと考えています。 出来ればすべての癌に対して調べたいのですが、 難しいなら特定の癌腫に限定しようと思っています。 どのような手順を踏むのが最短でできますでしょうか？ 全てのゲノム配列をダウンロードするのは、かなり大変な作業だと思いますが、ダウンロードする他ないでしょうか？ 事前の予想では、予めalignmentの取られている配列だと、除外されているのではと考えていますが、現段階では分かりません。 上記の質問は具体的ではなかったので、変更させていただきます。 https://cghub.ucsc.edu/ 上記よりゲノムデータをダウンロードして、Blast等でサーチできる環境を作りたいのですが、具体的にどのような手順を踏むのがベストでしょうか？ |
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人にはない配列というのは、例えばウイルスゲノムとかのことでしょうか？ fastq取ってきてマップして、リファレンス配列にマップされなかったリードを集めて、メタゲノム用のリファレンスかマッパー(私はメタゲノムは未経験です)を使って、それがなんの配列に近いか？見るというのではだめですか？ |
