こんにちは Tophatとcufflinksがインストールできません。 レベルは初心者なので、わけもわからずやっている状態ですが、 DRY解析教本を読みながらコツコツやっています。 いろいろやってみましたが、どうにもなりませんでした。 $brew install tophat Error: No available formula with the name "tophat" ==> Searching for a previously deleted formula (in the last month)... Error: No previously deleted formula found. ==> Searching for similarly named formulae... Error: No similarly named formulae found. ==> Searching taps... ==> Searching taps on GitHub... Error: No formulae found in taps. $ brew install cufflinks Error: No available formula with the name "cufflinks" ==> Searching for a previously deleted formula (in the last month)... Error: No previously deleted formula found. ==> Searching for similarly named formulae... Error: No similarly named formulae found. ==> Searching taps... ==> Searching taps on GitHub... Error: No formulae found in taps. $brew tap brewsci/science ==> Tapping brewsci/science Cloning into '/usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science'... remote: Counting objects: 468, done. remote: Compressing objects: 100% (465/465), done. remote: Total 468 (delta 1), reused 153 (delta 1), pack-reused 0 Receiving objects: 100% (468/468), 429.98 KiB | 305.00 KiB/s, done. Resolving deltas: 100% (1/1), done. Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-common.rb uninitialized constant #<class:0x00000001032840c0>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-files.rb uninitialized constant #<class:0x00000001023892a0>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/ome-xml.rb uninitialized constant #<class:0x00000001022e3a08>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Invalid formula: /usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science/Formula/osgearth.rb uninitialized constant #<class:0x0000000103086fe8>::MinimumMacOSRequirement Did you mean? MaximumMacOSRequirement Error: Cannot tap brewsci/science: invalid syntax in tap!
brewのupdate, upgrade, doctorはしました。問題なかったです。 問題を解決するにあたって何を質問したら良いかもわかっていない状態です。 どうぞよろしくお願いします。 質問日 Jul 19 '18 at 15:29 mikan03 |
あなたがペーストされたエラーメッセージ
にある通り、tophatという名前のフォーミュラが利用できない、ということです。あなたの設定されたHomebrewでは、Tophatが利用できないようです。 TopHatのウェブサイト https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml にも
とあるように、別のソフトウェアを利用された方が良いと思います。 回答日 Jul 19 '18 at 16:06 hub ♦♦ どうもありがとうございました。 3日間ずっとMacさわりっぱなしでしたが、わかりませんでした。 感動しております。 パッケージングソフトをmacportsに変えてやってみましたが、tophatは無事に入りました。 cufflinksもmacportsで入ったのですが、which cufflinksで反応がないです。 cufflinksがどこにはいったかも、ちょっとわからないので、PATHが通せないです。 また、調べてみます。どうもありがとうございました。 もし、簡単でしたらまたご教示いただけると助かります。
(Jul 19 '18 at 17:37)
mikan03
連投ですみません。 もしかして、tophat/cufflinksはちょっと古いから HISAT2/StringTie/Ballgown のほうが良いという意味でしょうか? HISAT2/StringTie/Ballgownはさらに情報がないので、難しそうなのでまずはtophatでやってみます。 どうぞよろしくお願いします。
(Jul 19 '18 at 17:42)
mikan03
DRY解析教本114ページにしたがって作業したら動きました。 which cufflinks /usr/local/bin/cufflinks 私の場合はMacportsで入れたので、sudo port uninstall cufflinks にだけ変更しました。ラボで一人で叫んでいます。小さな一歩ですが頑張ります。
(Jul 19 '18 at 18:29)
mikan03
自己レスしておきますが、tophatは古いので使わないでくださいと作者の方がいっておられます。hisat2が後継だそうです。結局自分もhisat2にしました。 参照サイト http://togotv.dbcls.jp/ajacs2018008.html
(Jul 28 '18 at 17:17)
mikan03
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