TopHatのreferenceデータについて

今回はTophat2 (bowtie2)に使用するgenome indexについて質問があり利用させていただきました。

現在TopHat2およびCufflinksを用いたNGSデータ解析を計画しています。
他のツールの出力と比較する為、annotation及びindexデータは"Ensembl release 72"を使用したいと考えています。

Q1) そこで質問ですが、旧バージョンのannotation及びgenome indexをiGenome等でDLすることは可能でしょうか？

不可能であればEnsembl archiveのFTPサイトよりDLし、bowtie2でbuildしようかとも考えています。
annotationデータは、FTP内のGTFファイルを、indexデータはDNAのFASTAファイルをbuildして用いようと考えます。

Q2) そこでさらに質問ですが、indexデータのbuildに当たり、全ゲノムのfaファイルは存在しないのでしょうか。

今回の目的は全ゲノムを対象とするのですが、FTPサイトを見た所、各染色体別のfaファイルしか準備されていません。
これらを必要数つなぎ合わせてgenome indexを作成しても良いものでしょうか。

基本的な質問となり申し訳ありません。どちらか片方でもお答えくだされば幸いです。
どうぞよろしくお願い致します。