度々失礼します、次世代シークエンサーDRY解析教本でCHIPseq解析の勉強をしている初心者です。 bowtieでマッピング後、samファイルをbamファイルに変換しました。 次に教科書通り「samtools sort 検体.bam 検体_sorted」というコマンドでソートをしようとしてもできません。そこでネットを参考に「samtools sort -@ 4 検体.bam 検体_sorted」でやってみましたが、検体_sortedファイルは作成されるのですが肝心の検体_sorted.bamファイルは作成されず、次のindex作成に進めず困っています。 何度もすいません、ご教授よろしくお願いいたします。 質問日 Oct 31 '18 at 07:57 Yoda |
勝手に_sortedファイルを_sorted.bamに変更したら、どうやらいけるようです。 samtoolsの使い方が以前と変わってしまっているんでしょうか? お騒がせしました。 回答日 Nov 01 '18 at 01:16 Yoda |