galaxyと同じサーバー上にあるファイルを指定して解析をする方法

galaxy / galaxy-central / wiki / DataLibraries/UploadingFiles – Bitbucket に管理ユーザー（Admin user）がデータのファイルをアップロードする４つの方法を解説しています。アップロードしたファイルは、Shared DataのData Libraryのひとつになります。

1. ファイルをアップロードする（Upload files）
2. ファイルのディレクトリをアップロードする（Upload directory of files）
3. ファイルシステムパスからのファイルをアップロードする（Upload files form filesystem paths）
4. ヒストリーからのデータセットをインポートする（Import datasets form your current history）

すべての手順は、Adminメニューの Manage data libraries のなかの Upload files to a data library ツールのUpload option:オプションとして選択できます。

1. ファイルをアップロードする（Upload files）

ファイルをアップロードしたり、URLを登録してデータファイルをサーバにアップロードすることができます。アップロードされたファイルは、既定では database/files に格納されます。この質問では、この手順では大きなファイルのときに時間がかかると指摘されているものです。

2. ファイルのディレクトリをアップロードする（Upload directory of files）

指定したディレクトリに格納したファイルをGet Data→Upload File ツールからパス指定でヒストリにアップロードすることができます。 ディレクトリの指定には、設定ファイル（universe_wsgi.ini）に

library_import_dir = /some_local_directory_of_files

を追加します。指定したディレクトリにあるファイルの一覧からファイルを選択することができます。

3. ファイルシステムパスからのファイルをアップロードする（Upload files form filesystem paths）

一連のファイルや多数のファイルをアップロードするために、ファイル指定のテキストエリアに複数のファイルパスを一度に指定することができます。

設定ファイル（universe_wsgi.ini）に、次の変更が必要です。

allow_library_path_paste = True

4. ヒストリーからのデータセットをインポートする（Import datasets form your current history）

多数のファイルをアップロードする場合に、ヒストリをファイルのリストとして指定することができます。