ローカルのGalaxyで大きなファイルをuploadしないで読み込ませる方法

ローカルでGalaxyをセットアップして、大きなデータ（といってもGA125ペアエンド1ラン程度です）を扱おうと思っているのですが、デフォルトでは、データが同じマシン内なのにHTMLまたはFTPで転送しなくてはならず、これがものすごく遅い（というかおそらく進んでいない）のです。adminならばローカルのファイルを指定して直接いじることができるとのことですが、その方法をご存知の方がいたら教えて頂けないでしょうか？Galaxy wikiなどを見ましたが、答えをみつけられないのでこちらに相談しています。

質問日 Nov 24 '12 at 16:24

chelidphile
11●1●3

edited Nov 24 '12 at 16:24

One Answer:

回答順最新支持されている順

これですね。

link text

http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Data%20Libraries/Uploading%20Library%20Files

回答日 Nov 24 '12 at 17:05

mtothen2
11●1

edited Nov 24 '12 at 17:08

ありがとうございます。 "Upload directory of files"がそれっぽいとは思うのですが、Upload filesのウィンドウのUpload optionメニューを見てみるのですが、wikiでは"Upload files"、"Upload directory of files"、"Upload files from filesystem paths"と"Import datasets from your current history"の4つのオプションがあるはずなのですが、なぜか私のローカルのGalaxyには"Upload files"と"Import datasets from your current history"の2つのオプションだけしか現れないのです。セッティングが間違っているっぽいのですが、どこを修正したらよいのか、教えて頂けると幸いです。

(Nov 24 '12 at 23:25) chelidphile

Adminのメニューは出ているでしょうか。 link text link text

(Nov 24 '12 at 23:36) mtothen2

universe_wsgi.ini の #admin_users = None のところを有効化（自分のユーザ名を指定）すると、Adminメニューが表示できるようになります。

(May 29 '13 at 22:36) mn3 ♦♦

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質問日: Nov 24 '12 at 16:24

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最終更新日: May 29 '13 at 22:36

ローカルのGalaxyで大きなファイルをuploadしないで読み込ませる方法

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