windows上で、次の操作ができるソフトを探しています。 異なる抗体を用いてChIP-seqで検出したリードの、2群間のピークの差を検出することができるソフトウエアー コントロールにはIgG抗体を用いています。 実験バックグラウンドは抗体以外は、コントロールも含めて同じ(細胞種、クロスリンク、ソニケーション、PCR条件)です。 よろしくお願いします。 質問日 Dec 22 '11 at 03:45 pon |
いまさらですが、私の過去の解答、"異なる抗体"の部分見逃しておりました。 同じ抗体で2サンプル比較する際を想定して書いていました。 もうご存知かもしれませんが、 異なる抗体の比較の場合、二階堂さんのブログからも 辿れる講義資料が、本質問に大変参考になるような気がします。 36ページ、37ページ参照 http://blog.hackingisbelieving.org/2012/02/chip-seq.html Rのパッケージはwin環境でも殆ど動くような気はしますが、 MACS2他、その辺りのツールが動くかは試してないので知りません。 以前の質問にもかかわらず、御教授いただき、ありがとうございます。 その後も、苦労していたところでしたので、大変助かります。 抗体の特異度を確認した後、抗体の違いで生じるマッピングデータの差を確認したかったため、早速試してみたいと思います。 今後ともよろしくお願いいたします。
(Mar 28 '12 at 05:02)
pon
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書き込めないそうなので、代理で書き込んでおきます。 -- nob_fj 様 拝復 年末のお忙しい中にも関わらず、ご教示いただき、大変ありがとうございます。 また、この度私の質問に正確性、具体性に欠ける点があったことをお詫び申し上げます。 ライフサイエンスQ&A上に「コメントを追加する」のタグを見つけられませんでしたので、下記に、返答させていただきます。 なお、今回の返信内容を、ライフサイエンスQ&Awebページ上に掲載することは、全く問題ございません。 私の質問事項が、私のような、NGS初心者のお役に立てれば幸いです。 1.ピークコールは済んでいるか。 → はい。ピークは検出しております。 ただし、私が用いた解析ソフトでは、抗体Aと抗体Bをサンプルとし、IgGをコントロールとして登録すると、抗体Aと抗体Bで捕まえたピークを、一緒に報告してしまいます。 このため、抗体Aと、抗体Bのピークの違いを検出できません。 市販の解析ソフトの会社に伺いましたが、二つのサンプル間の違いを検出する時計処理は出来ないそうです。 2.windows環境といっても、cygwinやvmware上でlinuxなどを入れてコンパイルが必要なプログラム等をインストールすることもできると思いますが、想定されておりますでしょうか。 → 御教示ありがとうございます。 実は私も一度考えたのですが、1)コンピューターが共用のものであること(なので、勝手に変更しずらい) 2)私自身が、コンピューターに強くなく(ユーザーとしては問題ないと思いますが、設定は恥ずかしながら苦手です。)、コンパイルの仕方をwebで検索して読んでも、よくわかりませんでした。 このため、Windows上で、解析できるものがあれば、使用したく、相談いたしました。 マッピング、ピークディテクションに市販のものを用いたのは、コマンドの入力が容易だから、ということもありました。 ご教示いただければ、甚幸に存じます。 敬具 pon 回答日 Dec 28 '11 at 11:43 hub ♦♦ |
お返事が遅くなりました。 詳細なご返信に対して、大した情報提供ではありませんが、 質問者様の質問が
のどちらが主眼かは分かりませんので、1についての1例を記載します。 また、本回答について、
が、それなりにうまくいっているように見えるレベルの解答です。 私自身、もっとスマートな方法や、R/Bioconductorのパッケージがあるのであれば、ご教授いただきたいと思っております。 作業前提として、ピークコールした領域情報がBEDフォーマットで出力されているか、BEDに変換済みであるとします。 (出力書式をupいただければ簡単な変換であればcygwin環境を用いた方法であればお教えできるかもしれません。) また、ピークコール前のマップしたbamかbedを必要とします。
1'. 場合によっては次の操作のリード数の計測範囲を広げる為、BEDの上流、下流に数塩基追加します。
煮るなり焼くなりといったところですが、こちらは詳しくありません。 BEDToolsの使い方はこちら この辺りの情報(IntersectRegions)も使えるかも知れませんが、使ったことありません。 コメントの件は、open_idでログインしないと、 どうやらできなさそうですね。 |
よくよく調べるとこちらのにかいどうさんのブログにある CSARが、まさにそれじゃないでしょうか。 http://blog.hackingisbelieving.org/2011/10/r-bioconductor-chip-seq.html Rのパッケージならwindows環境で動くことも多いような。 丁寧なご教授、大変ありがとうございます。 もう一通のメールとともに、大変参考になりました。CSARも、もっと私自身もweb上をくまなく探すべきでした。ただ、初心者だけでは、なかなか探し出すのも大変でしたので、“NGS現場の会”での御指導は大変助かりました。 今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。
(Jan 04 '12 at 02:34)
pon
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ピークコールは既に済んでおりますか?また、windows環境といっても、cygwinやvmware上でlinuxなどを入れてコンパイルが必要なプログラム等をインストールすることもできると思いますが、想定されておりますでしょうか。