FindPeaksの使い方

FindPeaks (3-1-9-2)を用いて以下のようなデータ形式のsamファイルを処理したいと思っています。manualでは　

time java -jar SeparateElandReads.jar ファイル名 ./　

のファイル名のところに、入力するファイル名を打ち込めば染色体ごとの .gz ファイルが生成すると書いてあるのですが .sam のファイル名を入力してもできません。

Finsdpeaksに同封されていたテストファイルではできました。データの形式が違うからできないのでしょうか？よろしければ処理する方法をご教授下さい。

SOLEXA2_90529:1:1:155:301       16      chr21.fa        37858680        85      32M     *       0       0       GACAAATCACAAATATGAATTCAGATCGTCGC        >96=@@@4=@@AB@A?>?A9@>A@@@?>?6&5        MD:Z:1T30
SOLEXA2_90529:1:1:160:77        0       chr21.fa        34353666        94      32M     *       0       0       TTTCCGTGTATTGTGTGTGGTATATTGGACAC        C0BBBB@BAACCB@>AB?B>?ABABB?<aab9 md:z:32="" .="" .="" .="" <="" pre="">

sam findpeaks ngs

質問日 Feb 08 '11 at 22:46

DEF
41●2●6●8

edited Feb 09 '11 at 17:47

mn3 ♦♦
515●4●9●22

2 Answers:

回答順最新支持されている順

2	同封のテストファイルはEland（というツールの）フォーマットです。同じく同封のマニュアルに出ていますが、Findpeaks3.1.9.2はデフォルトがElandモードでsamは読めません。BEDフォーマットも、フリーダウンロード可能な版では読めません。データフォーマット変換ツールを探されるよりは、扱えるフォーマットが増えているFindPeaks4系を導入して解析された方がよさそうです。⇒WorkFlows 回答日 Feb 09 '11 at 17:41 mya_ ♦ 388●1●10●14

返答有り難う御座います。 FindPeaks4をいじってみました。色々なフォーマットが使えるということなので、.samファイルを経由せずに直接以下のようなデータ形式のs_N_sorted.txtをinputファイルとして使うことにしました。

SOLEXA2-90529   17      5       64      4127    7001    0       1       ATCTCCCTCTGATAATCCTTCCAAATTCTCTACATT    ggggggggggggfggggdgggggdgggggggggggg    chr1.fa         3002960 R       36      119                                   

SOLEXA2-90529    17      5       111     11472   13790   0       1       AATTTGGAAGGATTATCAGAGGGAGATTTTGCTTTC    gggggggggggggffcdcf_ffffffffffeeeeg    chr1.fa         3002969 F       36      119                                   

SOLEXA2-90529    17      5       1       7062    9141    0       1       TGTGAAATAAGTCAGCCCCTTTAGTTCATTAATGTA    ggggggeggeffRfdfffffgggggfggggdfffdf    chr1.fa         3003022 F       36      119

ここで再び質問なのですが、FindPeaks4のmanualにはinputファイルがs_N_sorted.txtの場合のAligner parameterがなんなのか書かれていません。何にすれば良いのでしょうか？

回答日 Feb 11 '11 at 18:14

DEF
41●2●6●8

edited Feb 23 '11 at 18:55

mn3 ♦♦
515●4●9●22

s_N_sorted.txt、というのはおそらくelandのデータかと思いますが、elandの出力であればそもそもFindPeaks3.1.9.2で扱えるはずですので、もう一度前述のFindPeaks4のページから、(See Supported Input formats)をクリックし、FindPeaks4がどんな形式のファイルをサポートしているか確認してみてください。扱えるデータとパラメータの関係が判ると思います。

もしご自身で、入力しようとしているデータのフォーマットがよくわからないのであれば、元データを出した方に何という名前のツールを使って出したデータなのか（もしくは、出力されているデータフォーマット）を聞いてみてください。

(Feb 14 '11 at 13:07) mya_ ♦

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ngs ×47
findpeaks ×2
sam ×2

質問日: Feb 08 '11 at 22:46

閲覧数: 6,784 回

最終更新日: Feb 23 '11 at 18:55

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