リファレンスについて

お世話になっております。 マッピングする際のリファレンスについて質問です。
一般的にマッピングする際には
Humanでは
Ensembl GRCh37
NCBI 36 37
UCSC 18 19
や
Mouseでは
Ensemble NCBIM37
NCBI 37
UCSC mm9
があると思いますが、皆さんは主にどれを使われていますでしょうか？ ブラウザではUCSCを使用しているものの、RNAのバリアントはEnsemblが情報が豊富ですし、今後、解析するに当たっては統一したいので迷っております。バージョンにつきましても古い方が枯れているという考え方があるのかも知りたいと思います。RNA-seq解析の時にnovel junctionが同じイントロンで少しずれたのがたくさん出るときにとりあえずtophatでnovelを抑えてマッピングしますときにはRNAのバリアントが多く登録されている方がいいと思い、自分はUCSCよりensembleを使用してnovelありなしで解析しております。
よろしくお願いいたします。