SAMファイルのFASTAファイルへの変換について

お世話になっております．

表題の内容についてお聞きしたいことがあります．

454GS FLXで得られた底生動物のCOI領域のロングリード（平均300bp・合計16万配列）を，国際DNAデータバンクからダウンロードしたCOI領域（658bp）の配列に対しマッピングを行いました．

マッピングツールはBWAを用い，出力されたSAMファイルをFASTA形式のファイルに変換したいと考えています．

例）

リファレンス配列　 ACGTAAACGTTTACGT

クエリ配列　　　　 ACGTAA－CGTT

クエリ配列　　　　　 CGTAAACGTT－A

クエリ配列　　　　　　 GTAA－CG

このようにマッピングされた時，マッピングされた配列の開始位置やギャップ等の情報が反映された下のようなFASTAファイルへの変換は可能でしょうか．

＞Query1

ACGTAA－CGTT

＞Query2

－CGTAAACGTT－A

＞Query3

－－GTAA－CG

FASTA形式への変換を行った後，Collapseを行いハプロタイプ数を出し，進化系統樹を作りたいと考えています．

SAMをFASTAファイルに変換するソフト，もしくはSAMファイルを用いてCollapse→進化系統樹作成が行えるソフトをご存知でしたらご教授ください．