Galaxyのヒストリーで削除したデータを完全に（HDDから）削除する方法を教えてください

Galaxyを手元の環境に構築してデータ解析の準備をしています。

こちらのサイトの情報も参考にさせていただいております。ありがとうございます。

データの登録・解析をして実験しているのですが、削除したデータをHDD上から消す方法が分からず困っております。

ヒストリーから削除したデータは削除扱いになるだけで、HDD（**/database/files/000/dataset_.dat)にはデータが残ったままです。

もちろん rmコマンドで削除すれば消えるのですが、Galaxyから（またはGalaxy管理ツール？から）削除する方法がわかりません。

どなたか削除方法をご存知の方はいらっしゃいますでしょうか。

galaxy

質問日 Jan 20 '11 at 19:10

Tsukahara
86●2●3

One Answer:

自己解決しました。

*/scripts/cleanup_datasets/ のスクリプトによってデータ削除を行うことができました。

削除の手順

"history"の削除対象となるデータを"×"で削除する。
delete＿datasets.sh を実行する。　(※シェルスクリプト内の-d 指定日数より前に 1. を行ったデータに対してdataset.deleted=1にする。　また対象のmetadata＿fileが消える)
purge＿datasets.sh を実行する。　(※シェルスクリプト内の-d 指定日数より前に 2. を行ったデータに対してdatasetのファイルを削除する)

2,3を連続して実行する場合は、3の -dの指定は 0でよいです。

回答日 Jan 21 '11 at 18:30

Tsukahara
86●2●3

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質問日: Jan 20 '11 at 19:10

閲覧数: 3,249 回

最終更新日: Jan 21 '11 at 18:30

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