Chip-seqデータのマッピングにおけるマルチヒット/ミスマッチの扱い

Chip-seqデータのマッピングにつきまして質問があります。現在主にBowtieを使用してChip-seqデータのマッピングをしておりますが、オプション設定についてどのようなものが一番いいのか迷っております。

一つはマルチヒットの扱いで、全部レポートするから、レポートするデータを限定したり、ランダムにマッピングしたりする設定があるかと思いますが一般的にどのような設定が一番いいのでしょうか？自分ではあえてそれらをマッピングしなくても、本当にChip陽性の領域ならば他のリードがマッピングされるはずなのでレポートしなくてもいいような気もします。でも、せっかく一致するなら一つくらいランダムに割り当ててもとかも思います・・・

ミスマッチに関しましては少ない方が正確だと思いますが、自分では根拠無く、まあこれくらいかとデフォルトのまま2で実行しております。

-a --best --strata　の設定などもよさそうという理由で使用しておりますがあまり根拠はありません。結局はマッピング率がそれなりになるように設定してマッピングしているという状況です。

もし、一般的によいとされているような設定がございましたら、ぜひご指導いただきたいと思います。よろしくお願いいたします。