ノンモデル脊椎動物の次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析を計画しています。現在、totalRNAからmRNAの精製に取り組んでいますが、標準的なI社のoligo-dTセルロースを用いたキットで精製したところ、rRNAのコンタミが38%も出てきてしまいました。同じキットを使って2回精製しても33%で、ほとんど下がりませんでした。他のキットで、rRNAの混入を下げる工夫をしたキットが出ているようですが、お勧めなものを教えていただけませんでしょうか?よろしくお願いいたします。 |
だいぶ前の記事への追記ですが、Invitrogen社のRibo-Minus Kitと、同Invitrogen社のRibo-Minus for RNA-Seq Kit(RNA-Seq用とうたっているもの)とEpicentre社のRibo-Zero Kitを比較検証してみましたので、皆さんのお役に立つこともあるかと思い結果をお伝えいたします。 |
dTセルロースで精製して38%は多い気がしますね。 |
ではEPICENTRE Biotechnologies社のRiboZero rRNA Removal Kit |