ノンモデル脊椎動物の次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析を計画しています。現在、totalRNAからmRNAの精製に取り組んでいますが、標準的なI社のoligo-dTセルロースを用いたキットで精製したところ、rRNAのコンタミが38%も出てきてしまいました。同じキットを使って2回精製しても33%で、ほとんど下がりませんでした。他のキットで、rRNAの混入を下げる工夫をしたキットが出ているようですが、お勧めなものを教えていただけませんでしょうか?よろしくお願いいたします。 質問日 Apr 28 '11 at 14:22 sghr |
だいぶ前の記事への追記ですが、Invitrogen社のRibo-Minus Kitと、同Invitrogen社のRibo-Minus for RNA-Seq Kit(RNA-Seq用とうたっているもの)とEpicentre社のRibo-Zero Kitを比較検証してみましたので、皆さんのお役に立つこともあるかと思い結果をお伝えいたします。 回答日 Jul 27 '11 at 00:48 38brain RNA-Seqを行おうとしている者です。大変参考になりました! :-)
(Jul 27 '11 at 10:20)
suimye
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dTセルロースで精製して38%は多い気がしますね。 回答日 Apr 28 '11 at 16:32 38brain ご回答ありがとうございます。 RiboMinusは私の周辺ではあまりいい成績を聞いていません(実験手技にもよるでしょうが)。他の製品でノンモデルでも使えるものは、、、と考えています。
(Apr 28 '11 at 19:52)
sghr
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ではEPICENTRE Biotechnologies社のRiboZero rRNA Removal Kit 回答日 May 02 '11 at 17:31 38brain |
ご回答ありがとうございます。 実は現在、そのキットが使用できるか検討しています。このkitの問題点は、動物種が限定される(human/mouse/rat)ということです。おそらくrRNAに特異的な配列を認識して除去するシステムだと思われるので、今回私が使用する、哺乳類か系統が遠い動物の場合使えるのかどうかわかりません。今メーカーとやり取りして使用可能か検討しています。 回答日 May 04 '11 at 10:29 sghr 1
質問者です。Ambion社のpoly(A)purist MAB kitというものを使用してみましたのでご報告します。このキットはoligodT系ですが、wash条件などでコンタミを下げる工夫がされているようです。以前のキットでは38%のコンタミだったのが17%まで落ちました! このmRNAで解析に進むか、上記のRibZeroを使用するか、検討したいと思います。もし使用した場合はまたここで報告させていただきます。
(May 11 '11 at 09:18)
sghr
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