あるGEO SeriesがSuperSeriesか否かをGEOqueryで判別する方法

Question

あるGEO SeriesがSuperSeries（いくつかのSeriesがまとまったSeries）である場合には，SOFTファイルのSeries_summaryにSuperSeriesであることが記述されます．

R/BioConductorにはGEOデータを扱うGEOqueryライブラリがあり，getGEO(gse_id)とすると，そのIDのSOFTファイルを読み込みます．

library(GEOquery)
gse <- getGEO("GSE20861")

このgseの中にSeries_summaryが入っていると思うのですが，どのように探せば良いのでしょうか？

（GSE20861はSuperSeriesの例）

Accepted Answer

1

GSE からそれぞれの GSM を取り出して、series_id をみればよいと思います。SuperSeries があれば元の GSE ID だけでなく、SubSeries の GSE ID も返ってきます。

回答日 Jan 16 '12 at 21:27

なるほど． SubSeriesのGSEから始めた場合には，SuperSeriesも返ってくるので，Super/Subは包含関係から類推することになりますか．

(Jan 16 '12 at 21:52) dancing_infobio

Super から始めた場合、a の1カラム目がいくつかの ID になり、2カラム目がすべて Super の ID になるはず。 Sub から始めた場合は、1 カラム目が自分の ID しかなく、2カラム目がすべて Super の ID になっているはず。

多重とか Super が2つ以上ある場合が想定されるなら、類推はもう少し複雑になりそうですね。

(Jan 16 '12 at 22:03) dritoshi ♦

Sub,Super と 1,2カラム目の関係を10以上のSuperSeriesで確認しました．これはSuperのID番号はSubよりも大きいというのに基づいているでしょうか？

ともあれ，自分自身が1カラム目でなければSuperSeriesであることを疑う，というので良さそうですね．ありがとうございます．

(Jan 17 '12 at 21:31) dancing_infobio

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