「Rで塩基配列解析」をみながら、RNAseq解析をしようとしています。Rは初心者で、試しに適当なリファレンス配列とクエリー配列(共にfasta形式)を用いてmappingを試みています。リストファイルを作成後、以下のコマンドによりQuasRを起動してマッピングを行おうとしましたが、以下のようにbowtieにおいて、”引数の長さが 0 です sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11”というエラーが出てしまい困っております。このような場合の解決策をご存知の方はいらっしゃいますか?
Creating .fai file for: /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa alignment files missing - need to: create alignment index for the genome create 1 genomic alignment(s) will start in ..9s..8s..7s..6s..5s..4s..3s..2s..1s Creating an Rbowtie index for /Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa Finished creating index Testing the compute nodes...OK Loading QuasR on the compute nodes...OK Available cores: nodeNames ka.biol.sci.u.ac.jp 1 Performing genomic alignments for 1 samples. See progress in the log file: /Users/ka/Desktop/te/QuasR_log_1d53f48759d.txt 以下にエラー checkForRemoteErrors(val) : one node produced an error: Error on ka.biol.sci.u.ac.jp processing sample /Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa : 引数の長さが 0 です
sh: line 1: 9966 Segmentation fault: 11 '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rbowtie/bowtie' '/Users/ka/Desktop/te/Ala2.fa.Rbowtie/bowtieIndex' '/Users/ka/Desktop/te/Ala1.fa' -m 1 --best --strata -v 2 -f -S -p 1 '/var/folders/kg/hrs2ndkn029f978fs1_18s140000gn/T//RtmpF7YdOB/Ala1.fa26e25902bc72.sam' 2>&1 下記にsessionInfo() による情報と使用Macのスペックを示します。どうぞよろしくお願い致します。
locale: [1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8 attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets
[8] methods base other attached packages:
[1] GenomicAlignments_1.2.2 Rsamtools_1.18.3 loaded via a namespace (and not attached):
[1] AnnotationDbi_1.28.2 base64enc_0.1-2 BatchJobs_1.6 Mac Proスペック プロセッサ 2 x 2.66 GHz 6-Core Intel Xeon メモリ 32 GB 1333 MHz DDR3 ECC ソフトウェア OS X 10.8.5(12F45) 質問日 Apr 06 '15 at 17:58 brown |