NGS解析のn次解析の区分けについて

私見ですが、生データだけ出します、素組までやります、こまかい解析まで行います、という感じで 解析の次数は企業が解析料金としてお金を貰う段階によって便宜的に区切られているのではないでしょうか。

具体的な手法はともかく、

1. シーケンサから出た生画像データからシーケンスファイルを生成。まず配列を得なければ何もできないのでどの解析でも行わなければいけないステップ。
2. (raw なシーケンスから、何らかの条件をつけて配列のフィルタリング、トリミングを行うのであれば追加処理)
3. 委託元が、計算資源が足りないなどで取得した数百万から数億のバラ配列を処理しきれないのであれば、シーケンスをとりまとめる処理。リファレンスに対するmappingなり、denovo assembleを行う。(１つのソフトウェア単体でフィルタリング、トリミング機能が含まれているのであれば、前述2と3が同じステップになる。)
4. (アウトプットを解釈しやすい形式に変換する。グラフィカルビューア対応や、サマリ出力などの処理)
5. 出てきたデータに対して、マッピング分布の偏りや特異点検出、配列比較などするのであれば、各アプリケーションで追加解析

というような流れになり、それぞれオーバーラップしたり解析段数が変わったりするでしょうから、個人的にはn次の数字に意味があるような印象は受けていません。