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ずっとミーティング中でなかなか調べられないのですが、SRA からのダウンロードでオススメの方法はありますでしょうか? のようにコマンドラインでダウンロードしていますが、以下の点で不満があります。
みなさん、どのようにダウンロードされたりしているのでしょうか。オススメの方法とかありますか? |
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個人的には「Aspera Connect(GUI)を使ってブラウザからDLする」という方法が一番良いのではないかと思っています． ウェブブラウザからSRAを開いて目的のファイルをダウンロードすればURLを手打ちせずに済みますし，Aspera ConnectのGUI版では途中切断・復帰が可能です．GUI環境に限られるといった制限もありますが，この方法が一番安定していると思います． CUI環境に限られるのであれば，「ftpを使ってDLする」という方法が良いと思います．私自身もリモートの計算機ではこの方法を使っています．ftpならばコマンドライン上でファイルサイズの確認もできますし，複数のファイルを一度にDLすることもできます，確かSRAではasperaが推奨されていたように記憶していますが，現状のところCUIのascpは少し使いにくいというのが私の感想です． この質問の内容からは少し逸れますが，DRA(DDBJ Sequence Read Archive)もSRAと同様にシーケンスデータをアーカイブしているので，そちらを利用するのも手だと思います．現在のところ，ファイルサイズの小さいfastqフォーマットで配布されていますし転送速度も早いと思います． |
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日本からのダウンロードでしたら、DDBJ から ftp でダウンロードすることをおすすめいたします。 DDBJ では sra_lite と fastq を提供しています。 また、対象のアクセッション番号が分かっている場合、DRA Search で検索していただくと ftp へのリンクが有ります。 例） linux もしくは mac をお使いで、転送速度がそれほど出ない場合、簡単なパラメータの変更で速度のチューニングが出来ます。 rootユーザにて（sudo bash) とコマンドを打てばチューニング完了です。 再起動すれば上記で変更した値は元に戻ります。 上書きすれば元に戻ります。 windows7, vista をお使いの場合には、チューニングする必要はありません。 もし速度がでない等ありましたら状況を確認しますので trace@ddbj.nig.ac.jp までご連絡ください。 |
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CUI でもう少し便利やれるだろうと調べてました。
が出来たようです。 オプションはここを参考にしました (ただし、文中で -l200m となっているが -l200M の間違いと思われる)。 |
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参考までにDownload Guide - SRA Handbook - NCBI Bookshelf を紹介します。ウェブサイトとツールキットによるダウンロード方法を解説しています。 |
