IGVの結果とFPKM値の違いについて

こんにちは。IGVで見えているタグがカウントFPKMでカウントされていないとのことですが、
まず御確認いただきたいのはIGVのreferenceのgenome versionと、ご利用になられているデータの
mapping時のgenomeのバージョン、そして生物種が一致しているかどうかという点だと思います。

IGVで確認しているデータはbamファイルでしょうか（bedファイル, tdfファイルでしょうか）。
以上の点で問題が無いようでしたら、今の情報だけではもしかするとcuffdiffをかけたときに、
データを取り違えているなどの可能性、cuffdiffが途中で止まっていた、ぐらいしかないのではと思います
(cuffdiffではlistを渡しているときに取り違えるなどのhuman errorの可能性もあると思います)。
可能であればpipelineの実行ステップ、programのバージョンを詳細に御記載いただくほうが良いかもしれません。

@suimye