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DAVIDを用いてエンリッチメント解析を行いたいのですが、UploadしたIDが上手く認識されず困っています。
RNA-seqにより得られた発現遺伝子のデータに対して、BLASTXを用いて相同性検索を行い、「GI number」と「RefSeq ID」を得ています。
「GI number」や「RefSeq ID」を用いてDAVIDによるエンリッチメント解析を行いました。『Select Identifier』の項目ではそれぞれ「PROTEIN_GI_ACCESSION」と「REFSEQ_PROTEIN」を選んでいます。2300のIDを用いて調べた結果、認識されるのは232と非常に少ない結果しか得られませんでした。DAVIDに用意されている「Gene ID conversion」を用い、「AFFYMETRIX」のIDに変換を試みましたが、変換されるIDの数が少なく未だ解析できずにいます。BioMartを用いてIDを変換しようとしましたが、現在一時的にサイトが使えなくなっていました。 みなさんはRNA-seqから得られたデータを用いてエンリッチメント解析を行う際、どのようにしているのでしょうか？また、自分が行った行動の中で不適切な点があれば、ご教授をお願いいたします。 |
