|
MiSeqを使ってmouse macrophage系細胞のRNA-seqを始めたのですが、出てきたデータの塩基組成がA,T＝32%、G,C＝18%と偏ります。 原因に心当たりのある方、アドバイス頂けないでしょうか？ 実験系の概略は以下のとおりです。
よろしくお願いいたします。 |
|
こんにちは。
ATバイアスがあるとのことですが、これはfastqcなどの品質評価をみてATバイアスがあったということでしょうか。ライブラリーを作成し直した場合に上手くいったとのことでですが、私は原因を探ってみる方がいいと思います。
もう少し検討する項目はあると思いますが、かならず失敗時と成功(?)時は違いがあるはずと存じます。 ちなみにRNA-seqではありませんが、DNA-seqやChIP-seqのときはDNA sharingとgel extractionの具合で、 GC-richなshort fragmentが除去されることで、AT-richになることがあります。 @suimye |
ライブラリーを作り直すことで、ATバイアスは消えました。 原因は不明のままですが、同じ状況になった方の参考になれば幸いです。