blat は 5000bp より長いクエリを受け付けています。たとえば、http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=startでは、
といのことで、すくなくとも 25,000 塩基までは受け付けています。ですので、クエリの長さ制限以外のところにエラーがあるようですね。BLAT Program Specifications にもクエリ長さ制限については記載がありませんでした。 回答日 Feb 17 '11 at 12:09 mn3 ♦♦ |
blat は 5000bp より長いクエリを受け付けています。たとえば、http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=startでは、
といのことで、すくなくとも 25,000 塩基までは受け付けています。ですので、クエリの長さ制限以外のところにエラーがあるようですね。BLAT Program Specifications にもクエリ長さ制限については記載がありませんでした。 回答日 Feb 17 '11 at 12:09 mn3 ♦♦ |
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質問日: Feb 16 '11 at 18:21
閲覧数: 6,215 回
最終更新日: Mar 28 '12 at 22:28
あ、すいません。 GoogleディスカッショングループのURLをつけ忘れました。 http://groups.google.com/group/trans-abyss です。
さらにやらかしてますねm(_ _)m あのURLだけだとどのスレッド(という表現でいいのか?!)かわかりません。 「Error in stage1, perhaps merge.pl」 というタイトルのやりとりです。
ひょっとしたらBlatでqueryできる最大の配列長が5000bpで自分のデータは1106370番目のコンティグ長が6471bpでリミットを超えちゃっているからではないかと思い始めました。ちょっと調べてみます。ちなみに私はblatをこれまで一度も使ったことがないのですが、blatってちょっと短めの配列用?!だから5000bp程度までしかできない ような設定になってるっていうようなことがあるんですかね。。。ほとんど独り言ですが。 あ、mn3さま編集どうもありがとうございますm(_ _)m
Blat with -fastMap option is used as an alignment tool in trans-ABySS とtrans-ABySSの開発者が書いてあるので、このオプションをつけなければ25,000bpまで大丈夫だが、このオプションを使ったときに5000bpという長さ制限を加えることで早くしているとか、、、そういうこともあるかもしれませんね。 今日はまだ自分のデータを眺められてはいませんが、もしコンティグ長が全て25,000bp以下ならtrans-ABySSのプログラムをいじって、-fastMapオプションをつけないようにすることも一つの手ですね。 ありがとうございます! ひょっとして、このようなプログラムを使いこなすための会合がBiohackathon(つづりあやしい)だったりして。。。
fastMapの言及しているのが、configs/projects.cfg の上2行だけなんで
のオプション削ればfastMap無しで受け付けそうなんですが、だいたいこういうパイプラインってデフォルト設定が前提のコーディングしていてmergerがおかしくなるとか出そうなんですよね。そうなんですよ。 その後「Error in stage1, perhaps merge.pl」 上で開発者に上記の-fastMapのところを外せばいい、というアドバイスを受けてやったところ、blatのところでは(相当時間がかかりましたが)エラーがでなかったようですが、そのあとのところでエラーがでました。。。 「ImportError: No module named pysam」みたいなエラーが出て。えー、pysamいれてるのにー、なんでよ、みたいな。。。 今は意地でtrans-ABySSを動かそうとしていますが、別のプログラムに乗り換えたほうがいいのか、、、難しいところです。 どなたか私このプログラム使って無事動かせましたよ、っていうのがありましたら、コメントよろしくお願いしますm(_ _)m
おかげさまで無事実行できました。 pysamのre-installでうまく動きました。 まだstage1でkの値が二つだけで試しただけですが、とりあえずはエラーを吐かずにいけたことがなによりです。 pysam問題ですが、おそらく、他のエラーが出ていた際に、pythonのre-installをしたので、pysamの以前のインストールが無効になってしまっていたのでしょう。